2026년 9월 29일 제42회 국무회의에서 「소득세법 시행령」, 「법인세법 시행령」, 「종합부동산세법 시행령」, 「상속세 및 증여세법 시행령」 일부개정령안이 심의·의결됐다. 기획재정부는 이번 개정이 2026년 8월 3일 발표된 「2026년 세제개편안」의 후속 조치라고 밝혔으며, 2026년 10월 1일 공포·시행될 예정이다.

이번 개정에서 주택 보유자에게 가장 직접적인 영향을 미치는 변경은 조정대상지역 내 일시적 2주택 특례 기간 단축이다. 기획재정부 보도자료에 따르면, 조정대상지역 내 주택 보유자가 같은 조정대상지역에서 주택을 신규 취득해 일시적 2주택자가 된 경우 현재는 3년간 양도소득세 및 종합부동산세 1세대 1주택 특례를 적용받을 수 있었으나, 이 기간이 2년으로 단축된다.

취득 시점에 따라 적용 기간이 달라진다

단축된 기간은 2026년 8월 4일 이후 신규로 주택을 취득한 경우에만 적용된다. 2026년 8월 3일 이전에 이미 취득했거나, 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우에는 종전 규정인 3년이 그대로 유지된다고 기획재정부는 밝혔다.

세목별 적용 시점도 다르다. 양도소득세는 2026년 8월 4일 이후 신규 취득하고 시행일인 2026년 10월 1일 이후 종전 주택을 양도하는 분부터 적용된다. 종합부동산세는 2026년 8월 4일 이후 신규 취득하고 2027년 6월 1일을 기준으로 납세의무가 성립하는 분부터 적용된다. 종합부동산세 관련 실제 과세 결과는 2027년 납부 시점 전까지는 확인되지 않는다.

1세대 1주택 특례의 내용은 양도소득세의 경우 양도가액 12억 원 이하분 비과세 및 장기보유특별공제 최대 80% 우대이며, 종합부동산세의 경우 기본공제 12억 원과 고령자·장기보유 세액공제 최대 80%가 해당된다. 특례 기간이 2년으로 줄어들면 종전 주택을 매도해야 하는 시한이 앞당겨지는 효과가 생긴다.

등록 임대사업자·상생임대·비수도권 미분양 관련 변경도 함께

조정대상지역 매입임대 아파트에 대한 다주택자 양도소득세 중과배제 및 법인세 추가 과세 배제에는 적용기한이 새로 설정됐다. 기획재정부에 따르면 2020년 8월 「민간임대주택법」 개정으로 장기(8년) 아파트 매입임대 및 단기(4년) 매입임대 유형이 폐지되며 의무임대기간 종료 후 자동 등록말소된 이후에도 해당 특례가 기한 없이 적용되고 있었다. 이번 개정으로 기본적으로 2027년 12월 31일까지 기존 특례를 유지하되, 2027년 1월 1일 기준 의무임대기간이 종료되지 않은 경우에는 의무임대기간 종료일부터 1년, 중과배제 기한 종료 전 재건축·재개발 절차가 진행된 경우에는 이전고시일부터 1년이 되는 날까지 특례가 적용된다. 비아파트, 조정대상지역 외 아파트, 건설임대·공공지원은 이번 기한 설정 대상에서 제외된다.

임대사업자의 거주주택에 대한 양도소득세 1세대 1주택 특례—양도가액 12억 원 이하분 비과세 및 장기보유특별공제 최대 80%—는 입법예고 의견 등을 감안해 등록말소일부터 5년간 적용하는 현행 기준이 유지된다고 기획재정부는 밝혔다.

상생임대주택 특례도 이번 개정에 포함됐다. 현재는 임대료 증가율 5% 이내로 2년간 임대(상생임대)하면 양도소득세 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제 우대의 거주요건 2년을 면제해 왔다. 이번 개정에서는 당초 예정된 적용기한인 2026년 12월 31일에 따라 이 특례를 종료하되, 종료 후 1년 이내에 해당 주택을 양도하는 경우에 한해 양도소득세 거주요건 면제를 적용하는 경과 조치를 둔다. 2026년 12월 31일 이전에 임대기간이 끝나는 경우에는 2027년 12월 31일까지 적용된다.

비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 세제지원 적용기한은 1년 연장돼 2027년 12월 31일까지 이어진다. 해당 주택을 종합부동산세 및 양도소득세 산정 시 주택 수에서 제외하는 특례와, 기업구조조정 부동산투자회사가 취득한 경우의 합산배제·법인세 추가 과세 배제 특례 모두에 적용된다. 한미전략투자기금 출연금에 대한 증여세 비과세는 해당 기금을 「상속세 및 증여세법 시행령」상 비과세 단체에 추가하는 내용으로 이번 개정에 포함됐다.

이번 시행령 개정의 기준선이 되는 조정대상지역 지정 현황은 별도로 관리되며, 지정 구역 변동에 따라 실제 적용 대상 범위가 달라질 수 있다. 세부 내용은 기획재정부 재산세제과(044-215-4312, 4362)에 문의할 수 있다.